Начало 90-х годов характеризовалось драматическим падением числа посетителей. Иссяк поток отдыхающих из бывшего Союза. Если в последние советские годы  зоосад посещало более 700 тыс.человек в год, то в этот период их только около 100 тыс.

1992 г.  Зоосаду 80 лет.

У городских властей не хватает средств на содержание зоосада. На помощь приходят меценаты, поднимается вопрос о признании зоосада национальным достоянием.

В ноябре РЗС принят в Европейскую ассоциацию зоопарков и аквариумов (EAZA).

22 декабря Верховный совет Латвийской республики принимает решение о присвоении Рижскому зоосаду статуса Национального зоологического сада.

В июне 1993 г. основана загородная база зоосада «Цирули».

1994 г. В реставрированном зале аквариума открывается экспозиция земноводных Латвии, которая через год пополняется и пресмыкающимися.

С 1995 г. директор зоосада и с 2004  г. председатель правления – Роландс Грейзиньш.

1996 г. Передвижная выставка моделей динозавров.

Азиатский слоненок Зузанна переселяется в зоопарк города Кобе.

1997 г. Зоосаду 85 лет.

Инсектариум становится самостоятельным отделом.

Построена экспозиция для лемуров и Галапагосских черепах.

Передвижная выставка моделей насекомых «Маленькие великаны».

13 ноября 1998 г. открыт новый вольер для тигров. Основные спонсоры  Фонд защиты среды и фирма «Masterfoods».

На средства Рижской думы реконструирован дом для львов.

Реконструирован дом  для кенгуру.

15 мая 1999 г. открыт Сельский двор.

2001 г. На средства Рижской думы построены комплексы для пеликанов и журавлей.

25 мая 2001 г. открывается Тропический дом. В нем около 80 видов земноводных, пресмыкающихся, беспозвоночных, а также ночных млекопитающих. Особого внимания заслуживает экспозиция муравьев-листорезов.

Состоялась акция - взвешивание галапагосских черепах с участием латвийского силача Р. Бергманиса, ставшая ежегодной традицией.

2002 г. Зоосаду 90 лет.

На средства Рижской думы закончено строительство комплекса тюленей и водоплавающих птиц. Построен вольер для малых панд.

Открыт сайт Рижского зоосада в интернете www.rigazoo.lv.

С 2003 г. февраль в зоосаде – Тропический месяц.

2 октября слоны Радж и Рупа переданы зоопаркам Нидерландов.

2004 г. Построены новые вольеры для такинов и песцов.

2005 г. Начинается публичное кормление  животных (бегемоты, пеликаны, лемуры) и дрессировка тюленей.

Реставрировано историческое здание «Голубиный дом».

21 августа 2007 г. умирает старейший обитатель зоосада миссисипский  аллигатор Чабулис.